Het Nieuw Ensemble werd in 1980 opgericht. Twaalf musici vormden de basisbezetting, waarbij tokkelinstrumenten tot de vaste kern behoorden. Het ensemble heeft een geheel eigen repertoire opgebouwd van ruim duizend stukken. Onder leiding van chef-dirigent Ed Spanjaard ontwikkelde het Nieuw Ensemble zich tot een internationaal toonaangevend ensemble voor hedendaagse muziek. Geprezen om zijn baanbrekend werk op het gebied van programmering en repertoirevernieuwing ondernam het NE een grote diversiteit aan activiteiten en gaf het concerten over de hele wereld.
In 1998 werden het Nieuw Ensemble en artistiek leider Joël Bons onderscheiden met de Cultuurfonds Muziekprijs vanwege de ‘uitgesproken avontuurlijke en speelse programmering die letterlijk en figuurlijk als grensoverschrijdend kan worden betiteld’. Het ensemble introduceerde een groot aantal niet-westerse componisten. In premièreprogramma’s stonden Japan, de Kaukasus, het Midden-Oosten en Midden- en Zuid-Amerika centraal. Groot succes oogstten de concertseries Nieuwe Muziek uit China in 1991 en 1992. Als vervolg daarop bracht het Nieuw Ensemble diverse opera’s van Chinese componisten in première. In het voorjaar van 1997 vond een eerste tournee naar China plaats, in 2008 keerde het ensemble terug naar Peking. In april 2010 volgden concerten in Hong Kong en Sjanghai (wereldtentoonstelling). In september 2011 was het NE ensemble in residence van de Shanghai New Music Week en in mei 2014 met drie concerten te gast op het Shanghai Spring International Music Festival.
Het Nieuw Ensemble werkte nauw samen met componisten als Boulez, Carter, Donatoni, Ferneyhough, Kagel, Ton de Leeuw, Ligeti, Kurtág en Loevendie. De groep initieerde thematische festivals zoals Complexity? (Rotterdam, 1991), Regels & Spel (Amsterdam, 1995), Improvisaties (1996), het Tokkelfestival (1998) met westerse- en niet-westerse oude en nieuwe muziek, Het Verfijnde Oor (2003) over stemmingen en microtonen, Bezielde Tijd (2004) over ritme, OpenMusic (2005-6) over computer aided composition en Orientations (2006-7) over westerse en niet-westerse instrumenten. In internationale coproducties werden nieuwe projecten gebracht in Brussel, Parijs, München, Edinburgh, Lissabon, Straatsburg, Venetië, Warschau, Turijn, New York...
Naast de Chinese opera's behoren tot de geslaagde muziektheaterproducties die het NE bracht onder meer Hans Krasa’s kinderopera Brundibár en het door Viktor Ullmann in Theresienstadt geschreven Der Kaiser von Atlantis (ter gelegenheid van vijftig jaar bevrijding, 1995), Robert Heppeners Een Ziel van Hout (Holland Festival 1998), Franco Donatoni’s Alfred, Alfred (i.s.m. ATEM en de Nationale Reisopera, 2000), Johnny & Jones van Theo Loevendie (De Nederlandse Opera, 2001), Raaff van Robin de Raaff (De Nederlandse Opera/Holland Festival, 2004), Shadowtime van Brian Ferneyhough (München, Parijs, Londen en New York, 2004/2005) en Micha Hamels Snow White (i.s.m. de Nationale Reisopera, 2008).
Samen met cineast Frank Scheffer maakte Het Nieuw Ensemble een tv-documentaire over Pierre Boulez’ compositie Eclat en met Eline Flipse De Oogst van de Stilte over de ontmoeting met vijf Chinese componisten. Op compact disc is het NE te beluisteren met muziek van Carter, Donatoni, Ferneyhough, Harvey, Gerhard, Heppener, Kagel, Loevendie en Chinese componisten. Op het eigen label Zebra verscheen een live opname van de opera Wolf Cub Village van Guo Wenjing en op Brilliant Classics de opera Les Mamelles de Tirésias van Francis Poulenc in een bewerking van Bart Visman. Eind 2008 verscheen op het Duitse label Winter & Winter een cd van Mauricio Kagels KantriMiusik, in 2009 een opname van de opera Les Aventures du Roi Pausole van Arthur Honegger en in 2010 de Lucas Passie van Calliope Tsoupaki.
In 2002 richtte Joël Bons onder de paraplu van de Stichting Nieuw Ensemble het spraakmakende Atlas Ensemble op, dat dertig westerse en niet-westerse musici en hun instrumenten verenigt. In 2009 kwam daaruit de Atlas Academy voort en in 2012 het Atlas Festival, dat in 2014 zijn tweede, succesvolle editie in het Muziekgebouw aan 't IJ beleefde. In samenwerking met de compositieafdeling van het Conservatorium van Amsterdam organiseerden het Nieuw Ensemble en het Atlas Ensemble diverse projecten met jonge componisten.
De Stichting Nieuw Ensemble ontving vanaf 2017 geen landelijke of gemeenteliijke meerjarige subsidies meer en kwam eind 2019 tot stildstand.
